يُعتقد أن المدة المتعارف عليها لتخزين خل التفاح هي ، ولكن يمكن أن تمتد هذه الفترة إلى للتأكد من خلوه من الكحول. علاوة على ذلك، تجدر الإشارة إلى أن وقت تصنيع الخل يتزامن مع الموسم الذي يتوفر فيه التفاح، وبعد انتهاء الموسم فإن عملية الإنتاج قد تصبح مكلفة اقتصاديًا.